Поскольку Вы владели имуществом (в данном случае, квартирой — это жилая недвижимость) менее 3 лет, то налоговой базой будет считаться весь доход, полученный от реализации этого имущества.
Однако НК РФ предусматривает возможность уменьшить налоговую базу, в данном случае, на сумму до 1 млн ₽. или на размер расходов, понесенных на приобретение этого имущества.
В первом варианте налоговая база будет рассчитываться как 3,5 млн ₽ — 1 млн руб. = 2,5 млн ₽, размер налога, подлежащего уплате — 325 тыс. ₽.
Во втором варианте налоговая база будет рассчитываться как 3,5 млн ₽ — 3 млн ₽ = 0,5 млн ₽ (в 5 раз меньше), размер налога, подлежащего уплате, — 65 тыс. ₽, что на 260 тыс. ₽ меньше, чем в первом варианте
Вывод: в вашем случае выгоднее уменьшить налоговую базу на размер расходов, понесенных при приобретении имущества.